I l 12 dicembre del 1997 , il Ministero dell'Ambiente ha dato il via all'istituzione dell' Area Naturale Marina Protetta "Isole di Ventotene e Santo Stefano" .
Come qualunque riserva naturale , anche quella di Ventotene è organizzata sulla base di regole e strategie ambientali che impongono limitazione d'uso e di accesso:

Carta nautica con le indicazioni dell'Area Naturale Marina Protetta di Ventotene e Santo Stefano. L'area che si estende fino a 100 metri di profondità è suddivisa in tre zone.

L'area protetta comprende tre zone a tutela differenziata.La più interna é la riserva integrale che coincide con la zona biologicamente più intatta e che ha bisogno di maggiore difesa. Qui l'accesso é consentito in misura limitata e solo per scopi scientifici, i sub dovranno essere accompagnati da personale specializzato e con apposito permesso. La seconda zona può essere considerata come riserva generale: in questa parte del territorio può anche essere previsto l'intervento umano, però l'ambiente non può essere alterato ed ogni attività deve essere finalizzata a sviluppare sempre di più la sua naturalezza. I vincoli sono meno rigidi e l'accesso viene consentito in punti fissi e percorsi prestabiliti con permessi rilasciati dell'Ente gestore, i residenti potranno avere permessi previo richiesta. Generalmente l'accesso ai subacquei é permesso, ma con guide locali autorizzate. Infine esiste una terza zona di riserva parziale, dove la presenza dell'uomo é preponderante e dove sono ammesse tutte le attività compatibili con la preservazione dell'ambiente, comprese quelle di sfruttamento delle riserve purchè concordate con l'Ente gestore.
Come dimostrano i dati raccolti in alcune aree mediterranee ed extraeuropee, le riserve organizzate in questo modo non sono affatto penalizzanti per chi ci vive e ci lavora: é dimostrato che gestione corretta e vincoli adeguati garantiscono un graduale ripopolamento naturale nell'intera area interessata (e non solo di quelle delle riserve integrali), tanto da assicurare l'incremento degli introiti derivanti dalla pesca. Ma anche i turisti ne traggono vantaggi. I sub, ad esempio, hanno la possibilità di acquisire maggiore familiarità con la fauna ittica.

La riserva, in particolare quella marina, era stata più volte invocata dall'amministrazione comunale. Questo perchè Ventotene e Santo Stefano rappresentano, senza dubbio, aree naturali da preservare. Tanto più che la presenza umana e turistica non hanno determinato il degrado che purtroppo si osserva in altre parti d'Italia. L'istituzione della Riserva, fin dal momento in cui é stata decisa, é apparsa come una scelta azzardata agli occhi di alcuni ventotenesi, spaventati dalle ripercussioni che apporterà all'indotto turistico classico. Ma, al contrario, la riserva costituisce una grande occasione per le due isole: la possibilità di migliorare il modo di concepire il turismo e anche la nascita di nuove fonti di guadagno. Certo, sempre che nel progetto ci sia il coinvolgimento dell'intera popolazione e sempre che i ventotenesi siano disposti a credere fino in fondo a queste chances ambientalistiche ed economiche.

E' anche vero che tale coinvolgimento arriverà insieme alla dovuta e chiara dimostazione di una verità incontrovertibile: con la riserva naturale verranno rispettate le tradizioni isolane. E per avere garanzia di ciò, la popolazione non dovrà fidarsi delle parole , ma esercitare un proprio diritto: avere parte diretta e attiva nelle scelte da prendere.

Una cosa é sicura: non cogliere l'opportunità della riserva, significherebbe perdere non solo un'occasione di maturità - fors'anche intellettuale - ma pure la prospettiva di un futuro "possibile".